Con la creación de los CMEC, se fijó una cantidad de 3356 millones de euros, que el Estado tendría que pagar por fases a EDP para compensar por el fin de los PPA. Este valor resultó del cálculo entre la remuneración prevista en los PPA y la expectativa de ingresos de las centrales en el mercado. Sin embargo, en 2007, la cantidad se redujo a 833 millones de euros tras la actualización de los precios del mercado de electricidad y combustibles. Este valor ha sido objeto de ajustes anuales en los primeros diez años de existencia del mecanismo, entre 2017 y 2027. Para la última década, que terminará en 2027, se calculó la revisión final, el último ajuste de cuentas de los CMEC. Este ajuste consiste en la actualización de los valores a recibir por los productores en comparación con la remuneración que se fijó inicialmente.

Una parte de la remuneración de las centrales se debe a la capacidad de producir cuando sea necesario (disponibilidad). En este sentido, en el marco de los CMEC, existe un valor de referencia por encima del cual las centrales reciben una remuneración superior; y un valor por debajo del cual reciben una remuneración inferior. Desde la creación de los PPA y hasta hoy, las centrales declararon al operador del sistema (REN) si están o no disponibles. Esta disponibilidad se introduce en los modelos de remuneración y se calcula la compensación pagada a las centrales CMEC.